Lo scopo del tubule malpighiano è quello di assorbire ed eliminare i rifiuti metabolici che compongono l'urina negli artropodi. Assorbono attivamente acqua, sostanze disciolte e rifiuti dai fluidi corporei circostanti per essere rilasciati come solidi composti a base di azoto.
I tubuli malpighiani assorbono molto facilmente l'urea e gli amminoacidi, ma gli ioni come il potassio e il sodio vengono pompati attivamente attraverso le loro membrane. I tubuli portano questi rifiuti al retto, dove l'acqua e gli ioni vengono riassorbiti e l'urea viene mescolata con le feci per essere espulsa attraverso l'ano. Varie specie hanno scopi specializzati per i tubuli malpighiani oltre queste funzioni basilari. I vermi incandescenti della Nuova Zelanda hanno tubuli modificati che generano luce per attirare le loro linee di trappola appiccicose, che pendono dai soffitti delle caverne. Altri insetti che mangiano piante tossiche hanno meccanismi speciali per espellere rapidamente qualsiasi tossina attraverso i tubuli.
I tubuli malpighiani sono tubi sottili con pareti composte da un singolo strato di cellule. La maggior parte sono altamente contorte e bagnate nell'emolinfa, l'equivalente artropodico del sangue e del fluido linfatico, per gran parte della loro lunghezza. Sono rinforzati con proteine e hanno strutture per aiutare a spingere qualsiasi spreco lungo. La maggior parte degli artropodi ha muscoli che muovono i tubuli, anche se alcune specie mancano di questi muscoli e altri mancano del tutto di tubuli.
