A novembre 2015, Johnny Mathis non è mai stato sposato. Mathis si è inavvertitamente identificato come omosessuale in un'intervista del 1982 per Us Magazine, in cui affermava in modo criptico che si era abituato allo stile di vita omosessuale .
I commenti di Mathis nella sua intervista su Us Magazine sono stati controversi e Mathis ha rifiutato di chiarire le sue dichiarazioni, lasciando molti fan insicuri sul suo orientamento sessuale. Mathis ha riconosciuto ufficialmente la sua omosessualità in un'intervista al podcast del 2006, affermando che la sua riluttanza a chiarire le sue affermazioni derivava dalle minacce di morte ricevute in risposta all'articolo. Mathis ha anche ammesso che la sua riluttanza a riconoscere il suo orientamento sessuale era parzialmente dovuta alle norme sociali della sua generazione.
