La selezione selettiva comporta diversi rischi per i cani, incluso il rischio di sviluppare problemi cardiaci, malattie renali, prostrazione da riscaldamento, incapacità di raffreddare il corpo, problemi di udito e di vista e disturbi del sangue. La selezione selettiva può anche creare problemi emotivi o neurologici. Alcune razze, come Bull Terrier, hanno la tendenza a inseguire incessantemente le loro code, mentre gli Scottish Terrier possono perdere il controllo muscolare quando sono eccitati.
La selezione selettiva comporta rischi per cani piccoli e grandi. I cani più piccoli sono soggetti a pressione alta e anomalie scheletriche come rotazioni disallineate, che causano dislocazione della rotula. I cani di razze più grandi possono sviluppare tumori maligni nelle loro ossa, in quanto il loro peso anormalmente elevato sottopone a eccessiva tensione i loro sistemi scheletrici e sono soggetti a problemi ortopedici.
Si presentano anche problemi tra i cani con determinate caratteristiche accentuate, come facce piatte o pelle rugosa. I cani con facce piatte, come i carlini e il pechinese, possono avere passaggi nasali corti e stretti, che interferiscono con una respirazione adeguata. Bloodhound può sviluppare problemi agli occhi dalla pelle rugosa intorno agli occhi, mentre il cinese Shar-Pei e altre razze sviluppano irritazione della pelle e infezioni da rughe. Bulldog femmina con fianchi anormalmente stretti spesso forniscono giovani attraverso sezioni cesarei.
Alcune razze, come i cani d'acqua portoghesi, i barboncini standard e i segugi bassotti, hanno un sistema immunitario inadeguato. Alcuni cancri emergono nei cani con allevamento selettivo, così come problemi di organi e altre malattie.
