I fiumi principali di Puerto Rico sono il fiume La Plata, il Rio Grande de Loíza, il fiume Bayamón e il Rio Grande di Arecibo. Tutti i principali fiumi di Portorico scorrono verso nord sopra le montagne verso l'Oceano Atlantico.
Il fiume La Plata è il più lungo dei fiumi, situato nella parte settentrionale dell'isola. È lungo circa 60 miglia. Il Río Grande de Loíza è il più largo e il secondo più lungo dell'isola, con una lunghezza di 40 miglia. Il fiume Rio Bayamón attraversa il comune di Bayamon, che si trova sulla valle costiera settentrionale. Il Río Grande de Arecibo scorre anche attraverso la parte settentrionale dell'isola, passando lungo una gola profonda 200 metri e larga tra 800 e 1.200 metri.
Ci sono meno fiumi nella parte meridionale dell'isola, e sono generalmente più corti e di volume inferiore a quelli del nord. Molti dei fiumi che corrono verso il sud si asciugano per la maggior parte dell'anno. Porto Rico non ha laghi considerevoli, naturali, perenni, sebbene abbia 15 bacini idrici che sono indicati come laghi. Questi bacini sono formati dalle dighe dei fiumi principali.
