Un certo numero di temi sono esplorati in "City of Glass", tra cui omosessualità, amore, cristianesimo, figure autoritarie e altre credenze religiose. Il pregiudizio è anche uno dei temi principali del libro. "Shadowhunters", ad esempio, sono sospettosi nei confronti di certi gruppi di persone, inclusi i vampiri che possono tollerare la luce solare.
L'amore è uno dei temi più importanti in "City of Glass". La storia si concentra sul viaggio di Clary per salvare sua madre. È illegale per Clary entrare nella città dove è imprigionata sua madre, quindi questo è un viaggio pericoloso che richiede un sacrificio significativo.
Ci sono anche una serie di relazioni romantiche tra i personaggi in tutto il libro. Uno dei principali vampiri del libro, Raphael, usa il sistema di credenze del cristianesimo per convincere il resto della sua famiglia che non è un vampiro. Visitando una chiesa regolarmente e indossando una croce, riesce a evitare di essere scoperto. Altri sistemi di credenze sono menzionati nel libro, tra cui la Stella di David e il Sigillo di Salomone.
L'omosessualità è un tema che diventa importante quando il personaggio principale, Clary, vede un personaggio femminile che bacia un'altra ragazza. Due personaggi maschili sono anche coinvolti in una sottotrama omosessuale nel libro. Inoltre, la parolaccia è comune in "City of Glass."
