I carlini, insieme ai bulldog e ai Boston terrier, reagiscono spesso agli allergeni come spore di muffe, pollini, peli, acari della polvere di casa e persino fumo di sigaretta. Sono anche in grado di reagire a una gamma di allergeni comuni tra molte razze canine e persone. Le facce piatte dei carlini rendono la razza particolarmente incline alle allergie irritanti stagionali e di altro tipo.
I Carlini sono noti per sviluppare allergie a tutto, dalle pulci ai prodotti per il controllo delle pulci. Altre potenziali allergie del carlino sono una reazione ai tessuti; profumi; prodotti per la pulizia; piume; ingredienti alimentari come pollo; mais, soia e grano; e materiali in gomma.
In alcuni casi, le reazioni allergiche dei carlini alle vaccinazioni sono così gravi che le loro vie aeree si chiudono e muoiono. Per questo motivo, gli esperti di Carlino consigliano di guardare un carlino per un massimo di quattro ore dopo aver ricevuto le sue vaccinazioni.
I segni che un carlino sta vivendo una reazione allergica a qualcosa nel suo ambiente includono irritazione cutanea intorno agli occhi, alla bocca e alle ascelle; diarrea rossa e cronica; e /o vomito e starnuti. Anche un carlino che lecca regolarmente le zampe o si sfrega il viso probabilmente sta vivendo un qualche tipo di reazione allergica. I veterinari sono spesso in grado di trattare le allergie dei cani con una serie di metodi, tra cui shampoo e spray per uso topico.