I pomodori marciscono sulla vite per diversi motivi, tra cui umidità inconsistente, troppo sole, infestazione da parassiti ed esposizione a malattie. I primi tre problemi possono essere affrontati mentre la pianta cresce per ridurre la decomposizione futura frutta, ma le colture che sono esposte alla malattia dovrebbero essere distrutte.
L'infestazione da parassiti è uno dei problemi più facili da diagnosticare perché i bug sono spesso presenti e i loro effetti sono distinti. Gli insetti puzzolenti creano macchie scure sui pomodori quando si nutrono, lasciando un'area che diventa gialla o rimane verde quando il frutto matura. Le corna si trovano spesso sotto le foglie, e i loro segni di alimentazione sono evidenti su foglie e frutti.
Quando i pomodori ricevono troppo sole, si verifica una condizione chiamata "sunscald" e i frutti sviluppano macchie bianche con una consistenza coriacea. La putrefazione del fiore si verifica quando i pomodori ricevono umidità incoerente, inibendo la capacità della pianta di ricevere calcio. Il marciume provoca macchie marrone chiaro sulla parte terminale del pomodoro, e queste macchie alla fine diventano nere.
I pomodori sono suscettibili alla peronospora, al virus del mosaico del tabacco e alla ferita. I segni di queste malattie includono aree grigie e ammuffite sul frutto, così come foglie e canker distorti sul frutto o sul gambo. Le malattie che colpiscono i pomodori possono rimanere nel terreno e il servizio di estensione della Colorado State University raccomanda di piantare altre colture nelle aree colpite per almeno due anni dopo la scoperta della malattia.
