Gli storici non sono sicuri di chi fossero i genitori di Juan Ponce de Leon, ma credono che fosse imparentato con Rodrigo Ponce de Leon, il marchese di Cadice. Anche il suo esatto anno di nascita è contestato originariamente si pensava che sarebbe nato nel 1460, mentre altre prove suggeriscono che fosse nato nel 1474.
Si pensa che Ponce de Leon sia imparentato con la famiglia Nunez de Guzman. Durante i suoi primi anni, ha lavorato come scudiero per Pedro Nunez de Guzman, che era il comandante del cavaliere dell'Ordine di Calatrava. Secondo lo storico spagnolo Gonzalo Fernandez de Oviedo y Valdes, Ponce de Leon divenne un soldato esperto durante i suoi primi anni quando aiutò a sconfiggere i Mori a Granada.
