Gli alligatori respirano inalando aria nei polmoni. Non hanno branchie e non riescono a respirare sott'acqua, sebbene possano rimanere sott'acqua per intervalli di massimo due ore, e si ritiene che possano tenere respiro ancora più a lungo se necessario.
I polmoni alligatori hanno un flusso d'aria unidirezionale, il che significa che l'aria che si muove attraverso i polmoni è in gran parte aria fresca e ha un alto contenuto di ossigeno. I polmoni degli uccelli hanno anche un flusso d'aria unidirezionale. I polmoni dei mammiferi hanno flusso d'aria bidirezionale, nel senso che l'aria si muove avanti e indietro dentro e fuori i polmoni. Per questo motivo, l'aria che entra nei polmoni di un mammifero si mescola con l'aria che è stata nei polmoni per un po '. Quest'aria mista ha meno ossigeno. Nei polmoni alligatori, è disponibile più ossigeno da diffondere nel sangue.
Gli alligatori abitano principalmente acqua dolce. Tendono a immergersi sott'acqua per 10-15 minuti. Quando un alligatore va sott'acqua, le sue narici, le orecchie e la gola vengono automaticamente chiuse da un lembo. Questi lembi impediscono all'acqua di entrare nei polmoni o nello stomaco. Gli alligatori rallentano il battito cardiaco e chiudono certe linee di sangue nei loro corpi, consentendo a più sangue di raggiungere gli organi vitali. Il sangue trasporta ossigeno a questi organi, ritardando la necessità che l'alligatore respiri.
