Gli alligatori si riproducono attraverso la fecondazione interna, accoppiandosi di notte e alla fine depongono da 35 a 50 uova in una piccola fossa, che viene poi coperta con un nido di vegetazione in decomposizione. Circa cinque volte più femmine sono nate come maschi dopo un'incubazione di 65 giorni, con il sesso della prole determinato dalla temperatura piuttosto che dalle differenze genetiche. La madre custodisce le uova e le scava mentre iniziano a schiudersi.
Nonostante la loro protezione genitoriale iniziale, gli alligatori non forniscono cibo per i loro piccoli e li abbandonano rapidamente dopo la schiusa, e circa l'80% viene perso molto prima della predazione nelle loro vite. Lo compensano mettendo un gran numero di uova relativamente piccole, quindi alcuni sopravvivono nonostante le perdite elevate.
Le femmine nascono più grandi dei maschi, anche se i maschi alla fine diventano più grandi. Ci sono molti più alligatori femminili rispetto ai maschi e ogni maschio dominante è composto da 10 femmine diverse nel suo territorio. Attira le donne con ruggiti e rumori, molti dei quali sono al di sotto della portata dell'udito umano e rendono evidenti disturbi nell'acqua.
Gli alligatori sono simili sotto molti aspetti ai coccodrilli strettamente imparentati. Le principali differenze sono che gli alligatori hanno il muso più largo e solo i loro denti superiori sono esposti quando le loro bocche sono chiuse.
