I giaguari hanno diversi adattamenti per garantirne la sopravvivenza, e uno dei più evidenti è il loro cappotto maculato. Un altro adattamento è la loro capacità di nuotare in zone con forti piogge.
La maggior parte dei giaguari ha una pelliccia arancione-marrone con macchie scure, ma alcuni hanno un mantello nero su nero per aiutarli a nascondersi dalla preda finché non sono pronti a balzare. Il cappotto maculato del giaguaro agisce come una forma di mimetizzazione nelle zone paludose e nelle foreste pluviali. Questo animale ha un tipo unico di spot chiamato il rosone. A differenza di altri tipi di macchie, la rosetta presenta al centro punti più piccoli.
I giaguari sono anche ottimi nuotatori, che li aiutano ad adattarsi alle paludi e ad altre aree con molta acqua. La capacità di nuoto del giaguaro rende più facile catturare il cibo o rinfrescarsi nelle giornate calde.
I giaguari hanno mascelle grandi e forti e una visione notturna eccellente. Le loro forti mascelle li aiutano a perforare i teschi della loro preda. Poiché i giaguari spesso uccidono la preda con un morso alla nuca, vengono definiti "croccantini occipitali".
La visione notturna è d'obbligo per i giaguari che vivono nelle foreste oscure. Le loro retine hanno uno speciale strato riflettente e sono costituite da molte cellule di bastoncelli. I giaguari hanno anche grandi allievi. Tutte queste caratteristiche rendono più facile cacciare di notte i giaguari e vedere le loro prede in oscure aree di caccia.