I giaguari neri e i giaguari chiazzati sono la stessa specie. Il rivestimento scuro dei giaguari neri si verifica a causa del melanismo, una deposizione di pigmento nero superiore alla media. Alcuni giaguari melanici hanno punti visibili mentre altri sono neri solidi.
Molte persone applicano il termine generale "pantera nera" a qualsiasi grande felino nero. Le pantere nere non sono una specie separata ma piuttosto una specie esistente che esibisce la mutazione genetica "melanismo". Il melanismo è semplicemente la sovrabbondanza del pigmento scuro e appare in alcune tigri e leopardi, così come nei giaguari. Nella maggior parte dei gatti il melanismo è un tratto recessivo, nel senso che il gatto deve possedere due copie dell'allele mutante per mostrare la colorazione nera. Nei giaguari, tuttavia, il melanismo è dominato in modo incompleto. Un giaguaro con una singola copia dell'allele mutante mostra una colorazione più scura della media, ma non è così scuro come nei singoli con due copie. Nonostante sia un tratto dominante, il melanismo si verifica solo nel 6% della popolazione dei giaguari. Si ipotizza che il melanismo sia più localmente comune nelle regioni con foreste più fitte dove la pelliccia scura fornisce un migliore mimetismo.
Alcuni giaguari neri sono in realtà pseudo-melanistici; "abbondanza" è un altro nome per questa mutazione. Piuttosto che un aumento del pigmento nero complessivo, l'abbondanza fa sì che i segni siano sovrabbondanti. In alcuni casi, le macchie sono così abbondanti che corrono insieme, facendo apparire il gatto pseudo-melanico totalmente nero.
