L'ankylosaurus si è estinto con gli altri grandi dinosauri durante l'evento di estinzione del Cretaceo-Paleogene avvenuto circa 66 milioni di anni fa. Mentre restano alcune domande su ciò che ha causato questa estinzione, le prove geologiche suggeriscono che almeno un enorme asteroide o una cometa ha colpito la Terra, inviando onde d'urto attraverso l'atmosfera e cambiando drasticamente il clima.
I primi fossili di ankylosaurus risalgono a 66,5 milioni di anni, segnando questa specie come una delle ultime ad apparire prima dell'estinzione di massa che spazzò via i dinosauri. La maggior parte dei fossili esistenti di questa specie sono stati trovati in Wyoming, Montana e Canada.
L'ipotesi di Alvarez è la spiegazione principale di ciò che ha spazzato via i dinosauri. Pone che un grande asteroide abbia colpito la Terra, scatenando eventi che hanno causato il collasso dell'ecosistema dei dinosauri. La scoperta di un enorme cratere al largo della penisola dello Yucatan e la presenza di iridio nel sedimento mondiale durante il periodo di questo evento offrono una forte evidenza a favore dell'ipotesi. L'iridio è un metallo estremamente raro che si trova solo negli asteroidi e la sua presenza alla fine del periodo cretaceo suggerisce almeno una massiccia roccia precipitata sulla Terra in quel momento. Tuttavia, il cratere dello Yucatan non è l'unico grande cratere di questo periodo, portando alcuni paleontologi e geologi a suggerire che non uno ma una serie di impatti ha devastato la Terra e ucciso i dinosauri.
