Le dimensioni di una megattera completamente cresciuta dissuadono tutti i predatori di mare più aggressivi dall'attaccarli. Inoltre, le balene nuotano tipicamente in grandi gruppi chiamati "pod" per proteggere le balene più piccole e più deboli e giovani. Le madri con i vitelli che nuotano all'interno di un branco sono accompagnate da balene "di scorta", che seguono leggermente al di fuori del branco per proteggersi dall'aggressione dei gruppi di gobba in competizione.
Le balene di scorta spaventano potenziali minacce facendo saltare gli schermi delle bolle attraverso i loro buchi. I grandi baccelli possono tentare di proteggersi da selvaggiamente, oscillando le loro code contro l'acqua e schiaffeggiando la superficie dell'acqua con le loro code. Esprimono questo comportamento verso altri baccelli di balena e persino verso gruppi di barche se si avvicinano troppo.
I predatori della megattera includono umani, grandi squali e orche. Gli scienziati teorizzano che uno dei motivi per cui le megattere si riproducono al largo delle Hawaii è quello di evitare la predazione dalle orche, che favoriscono le acque più fredde. Squali come la grande preda bianca su questi gruppi di riproduzione mentre migrano, trascinandosi dietro e catturando le balene più lente. In caso di predazione di squali, la strategia del predatore consiste nel far fuoriuscire la balena e attirare più squali sulla scena. La dimensione e la forza della balena sono troppe per un singolo squalo da abbattere in un combattimento.
