Secondo il Museo di Paleontologia dell'Università della California, i funghi hanno quattro principali classificazioni: chytrids, stampi per il pane, lieviti e sacche e funghi del club. Ogni classificazione differisce principalmente dal metodo di riproduzione sessuale, dal momento che tutte le divisioni dei funghi utilizzano la riproduzione delle spore in un modo leggermente diverso.
I nomi formali di queste classificazioni sono: chytridiomycota (chytrids), zygomycota (muffe del pane), ascomycota (lieviti) e basidiomycota (funghi del club). Inoltre, ci sono due gruppi polifiletici che non sono riconosciuti dalla comunità scientifica. Questi sono i deuteromiceti (funghi asessuati che non si riproducono sessualmente) e licheni (comunità simbiotiche di funghi e alghe). Insieme, questi gruppi sono tutte le classificazioni formali e informali per i funghi.
