Un chihuahua merle è un chihuahua con un mantello maculato. Merle è un modello di mantello che si trova in molte razze di cani domestici; consiste di macchie di colore più scure su uno sfondo più chiaro della stessa tonalità.
A Chihuahua, il merle è fortemente associato a una serie di problemi di salute. È collegato alla sordità e alle anormalità dell'occhio, del cranio e del sistema riproduttivo. Diversi paesi, compresi tutti gli 83 paesi che utilizzano le norme europee della FCI, vietano la registrazione dei Chihuahua nel tentativo di impedire ulteriori riproduzioni. A partire dal 2014, l'American Kennel Club accetta qualsiasi cappotto o modello in Chihuahua di qualità da spettacolo, incluso merle.