Un organismo patogeno è un batterio, un fungo, un prione o un virus che sopravvive nutrendosi di un ospite. Un organismo patogeno causa tipicamente malattie nell'organismo ospite.
Sebbene la maggior parte dei batteri non causi malattie negli esseri umani, le persone con un sistema immunitario soppresso sono più suscettibili agli agenti patogeni opportunistici che spesso prosperano nell'ambiente caldo e umido del corpo umano. Le naturali risposte del corpo agli organismi patogeni invasori includono un aumento della temperatura corporea. Molte di queste risposte naturali inibiscono la capacità di questi organismi di vivere e riprodursi. Per sopravvivere di fronte agli antibiotici, alcuni ceppi di batteri si sono evoluti e hanno sviluppato la capacità di resistere alle forme più comunemente prescritte di farmaci usati per liberare il corpo da questi agenti patogeni.