La Chlamydia trachomatis fu scoperta per la prima volta agli occhi degli oranghi sull'isola di Giava. Durante le spedizioni per studiare la sifilide, gli scienziati Ludwig Halberstaedter e Stanislaus von Prowazek infettarono oranghi con raschiature congiuntivali di pazienti affetti da tracoma e scoprirono il organismi che hanno chiamato il Chlamydozoa.
I due scienziati hanno pubblicato la prima eziologia di Chlamydia trachomatis nel 1907. Secondo Chlamydiae.com, non è stato fino al 1958 che altri scienziati hanno scoperto che l'organismo è un batterio e non un virus.
Secondo la recensione di Ophthalmology, la clamidia è la più comune malattia batterica sessualmente trasmessa nel mondo. I batteri possono infettare diverse specie animali oltre agli umani e provocano due tipi di infezioni oculari da clamidia negli esseri umani.