I pomodori maturi rossi sono considerati un alimento sicuro per i porcellini d'India, ma solo i frutti maturi dovrebbero essere nutriti con le cavie. Pomodori verdi, foglie di pomodoro e gambi contengono composti tossici che possono rendere malate le cavie .
Pomodori acerbi e altre parti verdi della pianta contengono la tomatina e la solanina. La tomatina è un alcaloide tossico che si presenta anche in piccole quantità nella frutta matura del pomodoro, ma non ha effetti tossici a livelli così bassi. Nelle quantità più elevate presenti nelle parti di piante di pomodoro verdi, può causare malattie. La solanina è la stessa tossina che si trova nelle patate e in altre piante legate alla belladonna. La solanina è così tossica per le cavie da non consigliare l'alimentazione delle bucce di patata. Pomodori maturi, in particolare piccoli frutti come i pomodorini, non rappresentano un pericolo per le cavie e sono una parte raccomandata della loro dieta.