I batteri aiutano a mantenere la salute degli ecosistemi abbattendo la materia morta e riciclando i nutrienti in forme utilizzabili. I batteri vivono in tutti gli ambienti e forniscono la maggior parte dell'ossigeno sulla Terra.
I batteri sono decompositori che distruggono i materiali organici nel terreno. Per esempio, i batteri aiutano a decomporre la materia morta, come gli alberi caduti, in nutrienti utilizzabili per gli organismi viventi all'interno dell'ecosistema. Il risultato della decomposizione della materia morta si traduce in un terreno più ricco che è in grado di supportare diversi ecosistemi.
I batteri riciclano i nutrienti, compreso l'azoto e il carbonio, per trasformare le sostanze nutritive in forme utilizzabili. Ad esempio, i batteri trasformano il carbonio in anidride carbonica, che è necessario per la fotosintesi, il processo che consente alle piante di produrre energia dalla luce. Senza i batteri, i produttori primari cesserebbero di sopravvivere. La produzione di ossigeno è il risultato diretto dell'attività batterica. Ad esempio, i cianobatteri, un batterio presente negli oceani, producono una quantità significativa di ossigeno disponibile sulla Terra.
I batteri trasformano l'azoto in nitrati o nitriti, che sono forme di azoto che le piante possono utilizzare per crescere. Alcune piante, come i fagioli, immagazzinano batteri azotati nei loro sistemi di radici per garantire una crescita corretta. I batteri vivono anche all'interno degli animali e vengono utilizzati da quegli animali per scomporre il cibo in nutrienti utilizzabili. Ad esempio, le mucche e le giraffe usano i batteri nello stomaco per abbattere la materia vegetale in modo che il cibo sia più facilmente digeribile, consentendo agli animali di mangiare alimenti di bassa qualità per sopravvivere.