L'acqua si inquina quando rifiuti o sostanze tossiche si mescolano con corpi idrici, come laghi, bacini, corsi d'acqua o fiumi. I comuni inquinanti dell'acqua includono rifiuti chimici, pesticidi e benzina.
Molte fabbriche smaltiscono rifiuti chimici scaricando i rifiuti in laghi, fiumi o terreni. I pesticidi che gli agricoltori usano per eliminare gli insetti possono anche raggiungere le acque superficiali e sotterranee in quantità significative. I serbatoi sotterranei per la benzina e altri liquidi possono contaminare direttamente le acque sotterranee. Il sale posto sulle strade ghiacciate durante l'inverno inquina anche l'acqua, anche se il sale non è particolarmente pericoloso per la salute delle persone.
Altre fonti di inquinanti dell'acqua includono acque reflue e acque reflue, fosse settiche e scarichi oceanici e marini. Rifiuti solubili, o fognature e acque reflue provengono dall'acqua che le persone usano a casa e in luoghi pubblici come scuole e ospedali. Il liquame spesso entra e inquina vari corpi d'acqua. Il contenuto di liquido delle fosse settiche viene in genere drenato e scaricato in un sistema di drenaggio di terra. Tuttavia, a volte entra nel terreno e nei corpi idrici. Anche i materiali di scarto, come plastica e gomma, vengono gettati in mare.
La concentrazione di sostanze inquinanti di solito diminuisce quando gli inquinanti si diluiscono lentamente. Tuttavia, questo è un processo lungo. Anche se l'acqua è considerata sicura da usare quando la concentrazione di inquinanti raggiunge un livello basso, la presenza di sostanze inquinanti non è completamente eliminata.