I coccodrilli di acqua salata sono in pericolo a causa della perdita di habitat e attività umane, come la caccia e il bracconaggio illegali. I coccodrilli di acqua salata hanno pochi predatori naturali, ma attirano l'attenzione degli uomini per la loro carne, uova e pelle. La competizione per lo spazio con le comunità umane e la loro tendenza ad attaccare le persone nei loro territori rendono anche i coccodrilli di acqua salata bersaglio di uccisioni da parte degli umani.
I coccodrilli di acqua salata prosperano negli oceani e nei mari al largo del Sud-est asiatico, dell'India orientale e in parte dell'Australia. Le dimensioni della popolazione e lo stato di pericolo variano tra i diversi gruppi. Le stime indicano la dimensione globale della popolazione tra 200.000 e 300.000 animali. Nonostante i loro nomi, queste creature acquatiche abitano aree di acqua dolce oltre alle acque salate.
Come molte altre specie di coccodrilli, le persone di tutto il mondo richiedono parti e prodotti da questi coccodrilli, in particolare la loro pelle. La caccia illegale continua a rappresentare un rischio per i coccodrilli, specialmente quelli in Australia, nonostante l'attuazione della protezione legale. Secondo il diritto internazionale, i coccodrilli di acqua salata godono di protezione attraverso la classificazione nell'appendice I o nell'appendice II. Questi elenchi vietano la loro raccolta o consentono catture limitate.
La perdita di habitat, specialmente in Australia, minaccia anche le popolazioni di coccodrilli. Perdono sempre più il loro habitat per l'invasione umana e l'alterazione delle terre, in primo luogo per le produzioni agricole. La conversione delle terre in fattorie disturba i siti di nidificazione e riproduzione dei coccodrilli, poiché tali aree sono danneggiate dai bufali e dal bestiame.
