La maggior parte delle teorie su dove il Mar Rosso ha il suo nome colorato su una fioritura batterica rossa che periodicamente appare sulla sua superficie, un'associazione direzionale o la sua associazione con gli Himyariti, sovrani di Saba. Nessuno storico record specifica il motivo esatto.
La risposta più ovvia delle tre possibili ragioni è il batterio tricodesmium, spesso chiamato "mare segatura", che galleggia vicino alla parte superiore dell'acqua e ha una tonalità rossastra. Questo è lo stesso batterio che si forma nelle acque oceaniche affamate di ossigeno, a volte causando una "marea rossa".
Nel mondo antico, il rosso era uno dei vari colori associati alle direzioni. Il nero era a nord, il rosso era a sud, il verde era a ovest e il bianco a est. Questa teoria presuppone che il Mar Rosso fosse considerato situato a sud dell'antico Medio Oriente.
L'ultima teoria è che il mare prende il nome dagli Himyariti, un popolo che una volta viveva lungo le sue coste vicino allo Yemen e all'Etiopia. Gli Himyariti erano anche associati alla regalità di Saba. "Himyer" si traduce vagamente in "rosso" e Sheba è molto vicino all'antico ebraico "seba" o rosso. Mentre è incerto il motivo per cui potrebbero essere stati definiti "red people", è possibile che questo fosse correlato alla famosa tintura royal-purple ottenuta dal mollusco di murex, che veniva attivamente raccolto ed elaborato nell'area. Il viola di Tyrian, uno di questi gruppi di coloranti, è più vicino al rosso e macchia le mani dei tintori.