Anche se le balene megattere del 2014 non sono più elencate come minacciate dall'Unione internazionale per la conservazione della natura, le principali minacce per le loro popolazioni sono l'entanglement degli attrezzi da pesca, le collisioni delle navi, l'impatto dei loro habitat sull'inquinamento e le molestie degli osservatori di balene. Le minacce future includono la ripresa della caccia commerciale alle balene e lo sviluppo in mare aperto delle strutture di estrazione di petrolio e gas.
Ampia caccia commerciale alle megattere, iniziata nel XVIII secolo e portata avanti nel XX secolo, popolazioni di megattere globali gravemente impoverite, specialmente dopo l'introduzione dell'arpione esplosivo alla fine del XIX secolo. Solo nel 20 ° secolo, i cacciatori di balene uccisero più di 200.000 megattere, fino a che la popolazione si ridusse a circa 700 balene. La International Whaling Commission fu fondata nel 1946 per proteggere le popolazioni di balene in tutto il mondo e nel 1966 proibì la caccia alle megattere. Nel 1986, le megattere furono dichiarate in pericolo dalla IUCN. Nel 1990, il loro stato fu cambiato in Vulnerable. A causa della loro capacità di ristabilirsi con una popolazione mondiale di almeno 80.000 persone, la IUCN ha riclassificato le megattere nella categoria di Least Concern dal 2008.
A partire dal 2014, la caccia commerciale alle megattere è ancora vietata, tranne che da piccoli gruppi indigeni in aree come la Groenlandia, St. Vincent e Grenadine. Le morti di megattere attraverso l'impigliamento nelle attrezzature da pesca sono segnalate ogni anno da pescatori statunitensi e giapponesi. Si verificano attacchi navali, anche se meno frequenti. I conservazionisti sono preoccupati per lo sviluppo di petrolio e gas offshore che colpisce le popolazioni di balene in luoghi come il Brasile, l'Angola, il Mozambico, il Madagascar e il Gabon.
