L'origine del nome "Wisconsin" è stata pesantemente dibattuta, ma molti storici ritengono che derivi dalla parola indiana americana "Meskonsing", che significa "fiume che attraversa un posto rosso". Meskonsing era un nome antico per il fiume Wisconsin, che contiene banchi di arenaria rossa.
Meskonsing è un'ortografia francese del nome indiano di Miami "Meskousing" o "Mescousin". Nel 1674, l'esploratore Rene Robert Cavelier, Sieur de La Salle accidentalmente diffuse la pronuncia francese "Ouisconsin" dopo aver fravisato le lettere corsive nel diario di un missionario. Negli anni venti dell'Ottocento, i politici americani adottarono gradualmente l'ortografia fonetica inglese "Wisconsin" e ne diffuse l'uso includendolo nelle pubblicazioni governative. Entro il luglio 1836, questa versione moderna fu accettata come compitazione ufficiale.