Esistono numerose differenze tra ecosistemi naturali e artificiali, tra cui la sostenibilità, la diversità e lo scopo. Un ecosistema naturale ha una quantità diversa di specie e piante, mentre gli ecosistemi artificiali sono limitati. Gli ecosistemi naturali sono autosufficienti e derivano da una spontanea reazione naturale, mentre gli ecosistemi artificiali richiedono l'assistenza degli esseri umani.
Un ecosistema naturale è il risultato di interazioni tra organismi e ambiente. Ad esempio, un oceano è classificato come un ecosistema marino, costituito da alghe, consumatori e decompositori. Un ciclo si verifica in questo tipo di ecosistema che inizia con la conversione dell'energia delle alghe attraverso la fotosintesi. Dopo che i consumatori si nutrono delle alghe, l'energia viene trasferita tra gli organismi. Una volta che i consumatori muoiono in questo sistema, i decompositori li trasformano in materia organica. Questo processo avviene naturalmente per un periodo di tempo, mentre in un ecosistema artificiale è richiesto l'intervento umano.
Un ecosistema artificiale non è autosufficiente e l'ecosistema perirebbe senza assistenza umana. Ad esempio, una fattoria è un ecosistema artificiale costituito da piante e specie al di fuori del loro habitat naturale. Senza gli umani, questo ecosistema non potrebbe sostenersi. Le piante e gli animali hanno bisogno dell'aiuto degli umani per mangiare e sopravvivere. Lo scopo degli ecosistemi artificiali è ricreativo, educativo o di profitto. Lo scopo degli ecosistemi naturali è semplicemente circostanze naturali.
Un'altra differenza importante tra un ecosistema naturale e gli ecosistemi artificiali è la diversità. Gli ecosistemi naturali contengono più fattori naturali e organismi. Le relazioni tra gli organismi, l'un l'altro e l'ambiente in questo ecosistema sono più complesse di quelle degli ecosistemi artificiali.