Un topo di cervo può essere identificato dal suo lungo naso triangolare e dagli occhi grandi e neri. Il topo di cervo è spesso di colore marrone, mentre un topo di casa comune è in genere grigio.
La parte superiore del mouse del cervo varia dal marrone al rossastro e il ventre del mouse è bianco. Il topo di cervo ha orecchie grandi e arrotondate con una pelliccia sparsa. I topi di cervo hanno code lunghe che sono rossastre o marroni sulla parte superiore e bianche sul fondo. I topi comuni hanno una coda dai capelli scuri e colorazione tipicamente uniforme. I topi dei cervi possono anche essere grigi e bianchi, piuttosto che rossastri o marroni, a seconda della regione in cui il topo vive. Entrambi i topi cervo grigio e marrone presentano un ventre bianco e coda bicolore.
I topi di casa matura sono più grandi dei topi di cervo. La dimensione tipica di un topo di cervo maturo è di circa 4 pollici, o 7 pollici compresa la coda. Un mouse comune raggiunge fino a 8 pollici di lunghezza.
I piedi posteriori dei topi di cervo sono spesso più piccoli dei topi domestici. Inoltre, la separazione dei colori sui topi di cervo è notevolmente evidente, mentre un topo comune ha colori che si fondono gradualmente. Le differenze di colore tra topi di cervo e topi di casa sono particolarmente distinguibili quando si esaminano le code.
