Alcuni degli svantaggi dell'ingegneria genetica sono i rischi per la salute, gli impatti ambientali, gli impatti sull'agricoltura e l'industria e le questioni etiche che possono sorgere in base all'ingegneria. Gli svantaggi differiscono in base al tipo di ingegneria genetica che si sta verificando. L'ingegneria genetica agricola ha maggiori probabilità di avere un impatto sulla salute e l'ingegneria animale ha maggiori probabilità di avere un impatto sull'ambiente.
Il principale svantaggio dell'ingegneria genetica è il rischio che pone alla salute. Alcuni detrattori sostengono che le colture geneticamente modificate sono intrinsecamente pericolose, ma ciò non può essere realmente verificato poiché gran parte dei dati sugli impatti sulla salute sono controllati dall'industria dell'ingegneria genetica. Quello che gli scienziati sanno è che i pericoli per la salute sono presenti. Nel 1996 in Brasile, e nel 1990 in America, ci sono stati casi documentati di alimenti ingegnerizzati che causavano reazioni allergiche, il passaggio di malattie e persino la morte.
Un altro svantaggio dell'ingegneria genetica sono i problemi che causa l'ambiente. Le colture ingegnerizzate possono diventare tossiche per la fauna selvatica che ha bisogno del cibo per sopravvivere, e l'ingegneria ha anche creato tipi di erbe infestanti resistenti ai pesticidi. Queste nuove "super erbacce" possono soffocare le colture e distruggere l'agricoltura e gli habitat.
Alcune questioni etiche sono sollevate dall'ingegneria genetica. Studiosi, politici e scienziati hanno discusso l'uso dell'ingegneria per migliorare l'uomo, gli animali e le piante. Organizzazioni come Greenpeace si oppongono con veemenza all'uso dell'ingegneria genetica, secondo il sito web di Greenpeace, e altri pensano che l'ingegneria genetica sia la chiave per rendere più sicuri e più abbondanti gli alimenti, oltre a persone e animali sani.
