Animali, come pipistrelli, delfini, ratti, balene e uccelli da olio, usano gli ultrasuoni per navigare o comunicare. I pipistrelli, i delfini e alcune balene utilizzano l'ecolatura, una tecnica a ultrasuoni che utilizza gli echi per identificare e individuare gli oggetti. L'ecolatura consente ai pipistrelli di navigare attraverso le caverne oscure e trovare insetti per il cibo.
I delfini e le balene emettono una rapida serie di scatti sott'acqua in frequenze ultrasoniche per localizzare la preda e navigare nell'acqua. Topi e ratti maschi usano vocalizzazioni ultrasoniche come canto di corteggiamento per attirare le compagne. Molti insetti notturni, tra cui falene, cavallette, mantidi religiosa, scarafaggi e lacewings, hanno acuto udito ultrasonico, che li aiuta a sfuggire ai predatori. Mentre gli uccelli da olio usano gli ultrasuoni per volare in sicurezza e cacciare di notte, usano frequenze di ecolocalizzazione più basse rispetto ai pipistrelli e ad altri insetti notturni.