Le differenze fisiche tra alligatori e coccodrilli includono il colore della pelle, le forme delle loro mascelle e il posizionamento dei denti. Altre differenze includono i loro ambienti e l'aggressività.
Gli alligatori di solito hanno una pelle più scura dei coccodrilli. Gli alligatori hanno mascelle larghe e rotonde con muso a forma di U. I coccodrilli hanno mascelle strette e appuntite con muso a forma di V. Le mascelle di alligatore sono più potenti delle mascelle di coccodrillo e permettono loro di mangiare prede con gusci rigidi, mentre le mascelle di coccodrillo sono progettate per una più ampia gamma di prede. I denti inferiori del coccodrillo non possono essere visti quando la sua bocca è chiusa perché la sua mascella superiore è più larga della sua mascella inferiore. La mascella superiore e inferiore del coccodrillo ha le stesse dimensioni e il suo quarto dente prominente sulla mascella inferiore si adatta all'esterno della mascella superiore quando la bocca è chiusa. Gli alligatori vivono in habitat di acqua dolce, mentre i coccodrilli vivono in habitat di acqua salata perché una ghiandola nelle loro lingue si sbarazza di sale. Gli alligatori selvaggi vivono solo negli Stati Uniti e in Cina. I coccodrilli selvatici vivono in tutto il mondo. I coccodrilli tendono ad essere più aggressivi. Ci sono diverse specie di alligatori e coccodrilli. Ogni specie è unica, quindi ci sono alcune eccezioni a queste differenze comuni. Un esempio è il coccodrillo rapinatore indiano, che ha una mascella larga simile a un alligatore ma ha anche il quarto dente prominente di un coccodrillo.