Alcuni degli effetti negativi dell'Era di Esplorazione sono stati l'enorme numero di morti sofferto dalle popolazioni native americane a seguito di guerre e malattie europee trapiantate, la distruzione di preesistenti civiltà del Nuovo Mondo e l'istituzione del Atlantic Slave Trade. Sebbene l'intento fosse quello di trovare una nuova rotta verso i mercati asiatici navigando a ovest dall'Europa, la scoperta del continente americano precedentemente sconosciuto nel 1492 creò anche un nuovo mercato per l'oro e l'argento che si trovavano lì. I conquistadores spagnoli iniziarono presto una campagna vittoriosa e spesso devastante di conquiste contro le civiltà indigene, mentre si muovevano attraverso la parte meridionale del continente alla ricerca dei preziosi metalli preziosi.
Si stima che il 70-90% della popolazione di nativi americani sia stata persa a causa di malattie europee. L'estrazione sistematica da parte degli europei di ricchezza e risorse dalle terre native, particolarità attraverso l'uso della guerra e dei lavori forzati da parte dei conquistadores spagnoli, ha anche contribuito al bilancio delle vittime.
Le colture monetarie di zucchero, tabacco e cotone sorte nelle Americhe richiedevano ingenti quantità di duro lavoro e diedero origine al commercio degli schiavi atlantici. Durante i quasi 400 anni della tratta degli schiavi, tra l'11 e il 15 milioni di schiavi furono trasportati nel Nuovo Mondo dall'Africa in quella che divenne la più grande migrazione di origine marittima forzata nella storia. Le stime indicano che un terzo dei viaggiatori asserviti non sopravvive al viaggio attraverso l'Oceano Atlantico. Gli Stati Uniti hanno vietato l'importazione di schiavi africani nel 1808, ma la pratica della schiavitù è rimasta legale fino a quando il 13 ° emendamento non è stato approvato nel 1865.