Il deserto del Sahara copre gran parte dei paesi africani di Algeria, Ciad, Egitto, Libia, Mali, Mauritania, Marocco, Niger, Sahara occidentale, Sudan e Tunisia. Il deserto ha una superficie di oltre 3,6 milioni di miglia quadrate, coprendo circa un quarto del continente africano.
Il deserto del Sahara è diviso in regioni geografiche più piccole, come il deserto libico, il deserto del Ténéré, il Sahara occidentale, le montagne di Ahaggar, le montagne di Tibesti e le montagne di Aïr. La massima elevazione nel deserto si trova nelle montagne del Tibesti, nel nord del Ciad. Il picco si chiama Emi Koussi, e sale ad un'altezza di 11.204 piedi sul livello del mare.
Il Sahara è delimitato a est dal Mar Rosso ea ovest dal Mar Mediterraneo e dall'Oceano Atlantico. Confina a sud con una zona erbosa conosciuta come il Sahel, che fa parte del Sudan e della valle del fiume Niger. La parte del Sahara conosciuta come il deserto nubiano si trova nel nordest del Sudan, delimitata dal Mar Rosso e dal fiume Nilo. Un'altra regione del deserto nota come Tanezrouft si trova lungo il confine tra Mali, Niger e Algeria, appena ad ovest delle montagne Hoggar. Il deserto orientale si trova in alcune parti dell'Egitto, del Sudan e dell'Etiopia.