Oltre alla sua caratteristica più conosciuta, che è il canale artificiale che la divide in due, la Repubblica di Panama contiene montagne aspre, pianure costiere e colline ondulate. La sottile striscia di terra che comprende la nazione di 29.157 miglia quadrate è un istmo che collega i continenti del Nord America e del Sud America. Il Canale di Panama, completato nel 1914, consente alle navi di attraversare gli Oceani Atlantico e Pacifico che si trovano a nord ea sud dell'istmo di Panama.
Panama è il paese più meridionale dell'America centrale e confina con la Colombia sul lato sudamericano e con il Costa Rica sul lato centroamericano. La spina dorsale centrale delle montagne e delle colline interne è la caratteristica topografica dominante della nazione. Le vette di questa spina dorsale erano formate da intrusioni vulcaniche e la regione montuosa era il risultato di un sollevamento proveniente dal fondo del mare. L'intera catena montuosa, che va dalla Costa Rica a nord-ovest e giù fino al canale, è generalmente indicata come la Cordillera Central. Il punto più alto di Panama è il picco della montagna di Volcan Baru a 11,401 piedi.
C'è una giungla quasi impenetrabile, chiamata Darien Gap, nel punto in cui Panama confina con la Colombia. Questa zona è l'unica interruzione dell'intero sistema stradale pan-americano che collega l'Alaska alla regione della Patagonia nel sud dell'Argentina.