Mentre c'era un'occupazione giapponese della Repubblica delle Filippine tra il 1942 e il 1945 che era ampiamente risentita dai filippini, dalla fine della seconda guerra mondiale il Giappone è stato un partner commerciale vitale che ha contribuito a dare impulso all'economia filippina . Il Giappone ha anche fornito sostegno nel 1980 al nuovo governo filippino. Recentemente il Giappone ha anche fornito aiuti tanto necessari alle Filippine per la ricostruzione dopo il tifone Haiyan.
I giapponesi invasero le Filippine l'8 dicembre 1941 come mossa strategica contro gli Stati Uniti. Questa invasione iniziò meno di un giorno dopo l'attacco giapponese a Pearl Harbor, e alla fine i giapponesi stabilirono una forte presenza militare nelle Filippine. Mentre i giapponesi promettevano l'indipendenza alle isole dopo la guerra, la maggior parte dei cittadini filippini si risentì dell'occupazione e molti combatterono attivamente contro i giapponesi. Alla fine, i giapponesi si arresero e persero il controllo delle Filippine nel 1945.
Dalla fine della guerra e dell'occupazione giapponese, le relazioni filippino-giapponesi sono diventate più forti. I giapponesi hanno servito come partner commerciale essenziale per aiutare a ricostruire e stimolare l'economia filippina, e i giapponesi hanno aiutato a ricostruire il governo filippino negli anni '80. Il Giappone continua a fornire aiuti umanitari ed economici alle Filippine, in particolare durante il periodo di ripristino dopo il tifone Haiyan.
