Il popolo Seneca ha diverse credenze e pratiche religiose tradizionali. C'è una credenza in un "Porta Terra" e in altri elementi e forze naturali. Storicamente, la gente teneva feste per onorare fragole e linfa d'acero. Hanno anche tenuto una celebrazione in inverno per ringraziare e praticare il perdono. Le persone credevano che la malattia fosse il risultato di influenze spirituali e gli sciamani usavano fino a 200 erbe per curare e curare gli ammalati.
In tempi moderni, molte persone seneche seguono la religione Longhouse, il cattolicesimo e altre denominazioni cristiane. La Longhouse Religion è nata come movimento religioso chiamato "The Code of Handsome Lake". Handsome Lake è il nome di un profeta Seneca che ha iniziato la religione nel 1799. La religione combina alcune credenze irochesi tradizionali con elementi del Quakerismo e del Cristianesimo.
I predicatori nella religione recitano la rivelazione di Handsome Lake due volte all'anno. La recita completa richiede tre mattine. Ciò si verifica prima dell'alba. Il predicatore si leva in piedi davanti a un camino e canta una Canzone del Sole per il bel tempo. Durante la recita, i congregati siedono sulle panchine e le donne si coprono la testa con gli scialli.
L'atmosfera assomiglia a un incontro cristiano di risveglio. L'atmosfera emotiva diventa contagiosa e spinge le persone a dichiarare pubblicamente la fedeltà alla religione.