Durante il lungo periodo neolitico, dal 6800 al 3200 aC, i rifugi furono costruiti usando pilastri di legno, argilla e pietra per le fondamenta e le pareti, mentre i tetti erano fatti di tronchi, argilla e fieno. Altre caratteristiche variavano a seconda della regione e se il rifugio fosse stato costruito durante il Neolitico primitivo, medio o tardo.
Durante il periodo Neolitico, le persone divennero gradualmente meno nomadi quando impararono a coltivare, ad addomesticare gli animali e a conservare il cibo. Cominciarono a preferire abitazioni permanenti vicino alle loro fattorie e mandrie dove vivevano in insediamenti per protezione. I rifugi nel primo periodo neolitico erano indipendenti, capanne di una stanza fatte di pali. Gli agricoltori europei iniziarono a costruire versioni più grandi di queste capanne chiamate case lunghe, che non avevano finestre e una porta. La parte più buia della casa era usata per conservare il grano, la parte centrale per dormire e mangiare, e la parte più leggera vicino alla porta per il lavoro.
Case con fondamenta in pietra e muri di mattoni di fango apparvero nel Neolitico medio e continuarono fino al tardo Neolitico. Come lunghe case, queste abitazioni erano strutture rettangolari di una stanza. Alcuni avevano anche un portico aperto o chiuso. Nella Grecia centrale, la gente ha iniziato a costruire case a due piani con due muri di sostegno interni e una fila di colonne nel mezzo dello spazio.
