Problemi comuni con una fossa settica sono fanghi nel campo di scolo e fori, eccesso di acqua nel campo di scarico, incapacità del serbatoio di trattare i solidi, compattazione del terreno sopra la fossa settica e piante che crescono vicino alla posizione delle fosse settiche . L'accumulo di prodotti non biodegradabili all'interno della fossa settica e la crescita di alghe al suo interno sono altri problemi.
Il fango che entra nel campo di drenaggio blocca i fori di drenaggio, il che può portare al ristabilimento del contenuto di fosse settiche in casa. Questo problema viene risolto pompando regolarmente il serbatoio.
L'acqua che entra nel campo di scarico in grandi quantità in un breve lasso di tempo porta alla saturazione del campo con acque reflue. Se quest'acqua viene lasciata accumularsi, può causare il backup nei tubi. Inoltre, l'acqua in più impedisce l'elaborazione dei materiali solidi e la sostanza solida può quindi ostruire i tubi di distribuzione.
Un altro motivo dell'incapacità della fossa settica di trattare i rifiuti solidi è l'aggiunta di vinili, carta e prodotti non biodegradabili nel serbatoio. Questi materiali occupano spazio nel serbatoio, provocano il rapido riempimento dell'acqua e spingono la materia solida galleggiante nei tubi di distribuzione.
La compattazione del terreno sopra il serbatoio si verifica quando veicoli pesanti e attrezzature sono collocati su di esso. Il terreno compattato causa danni ai componenti del sistema settico e non consente al campo di scarico di disperdere facilmente gli effluenti.
I fosfati presenti nei detergenti introdotti nella fossa settica promuovono la crescita delle alghe che intasano il sistema di distribuzione. Le radici delle piante che crescono vicino al serbatoio possono danneggiare il serbatoio, i suoi tubi e il campo di scarico.