Alcuni vantaggi dell'idroponica includono l'uso minimo di acqua e fertilizzanti, i requisiti di manutenzione ridotti, l'elevata resa delle colture, l'efficienza nello spazio e la capacità di coltivare piante in condizioni difficili e durante tutto l'anno. Lo svantaggio dell'idroponica è l'alto costo di installazione e funzionamento del sistema.
Un sistema idroponico riduce l'utilizzo di acqua, poiché l'acqua viene fornita direttamente alle radici delle piante. Il sistema consente anche il riciclo dell'acqua di irrigazione. Poiché l'acqua viene fornita alle radici delle piante, riduce al minimo la perdita di fertilizzante dal ruscellamento, riducendo così la quantità di fertilizzante necessaria.
Un altro vantaggio è il fatto che il sistema non richiede la rimozione regolare delle erbe infestanti. Poiché i livelli di illuminazione, nutrienti e pH sono controllati in un sistema idroponico, il coltivatore ha un migliore controllo sul processo di crescita e può proteggere più facilmente le piante da agenti inquinanti e parassiti. Di conseguenza, la resa del raccolto da un sistema idroponico è elevata. Inoltre, le piante tendono a crescere più velocemente nelle condizioni favorevoli, il che aumenta il numero di cicli di crescita in un determinato periodo di tempo.
Poiché il sistema di coltura idroponica non dipende da condizioni ambientali esterne come la qualità del suolo, la disponibilità della luce solare e il cambio delle stagioni, le piante possono essere coltivate anche nei deserti, in regioni con scarsa qualità del suolo e per tutto l'anno. Inoltre, le piante coltivate attraverso l'idroponica hanno radici più piccole, che consentono loro di essere coltivate più vicine l'una all'altra.
Tuttavia, il costo della creazione di un sistema idroponico è più alto di quello richiesto per l'avvio di un giardino a base di suolo. Poiché il sistema richiede più lavoro, anche i suoi costi operativi sono alti. Le configurazioni su larga scala sono più convenienti rispetto a quelle più piccole.