Incubatori, autoclavi e bioreattori sono tre apparecchiature utilizzate dai microbiologi. Ogni macchina svolge una funzione specializzata nello studio di batteri, virus e altri microrganismi.
Gli incubatori mantengono condizioni ambientali ottimali, rendendo più facile per i microbiologi la crescita dei batteri. Utilizzando un incubatore, un microbiologo è in grado di controllare i livelli di umidità, temperatura e ossigeno. Un terreno di crescita è posto all'interno dell'incubatore per garantire che il microrganismo abbia i nutrienti necessari per proliferare.
I microbiologi devono prevenire la contaminazione incrociata dei loro campioni. Per fare questo, sterilizzano strumenti e materiali dopo averli usati. L'autoclave espone l'apparecchiatura al vapore saturo ad alta pressione, uccidendo i batteri e altri microrganismi. Le autoclavi vengono spesso utilizzate per sterilizzare attrezzature in vetro e metallo, ma non possono essere utilizzate per sterilizzare la plastica perché la plastica si scioglie a temperature così elevate.
I bioreattori facilitano la crescita di organismi utilizzati per applicazioni biotecnologiche. Questo strumento è spesso usato per coltivare organismi usati nella produzione di vaccini e farmaci. Come un incubatore, un bioreattore consente al microbiologo di controllare le condizioni di crescita. Il pannello di controllo di un bioreattore ha le impostazioni per il livello di pH, il livello di ossigeno, la velocità di agitazione, il tempo di induzione e l'erogazione di nutrienti. Una camera di fermentazione è un esempio di un bioreattore. Questo tipo di camera consente ai microbiologi di utilizzare la fermentazione su larga scala per produrre gli organismi utilizzati nella produzione di ormoni e vaccini.