Ci sono diversi svantaggi nell'usare gli ultrasuoni in medicina, uno dei quali è il potenziale errore dell'operatore. Alcune macchine producono anche immagini con risoluzione limitata.
L'ultrasuono non può essere utilizzato per studiare qualsiasi parte del corpo contenente gas, quindi non è uno strumento utile per diagnosticare problemi ai polmoni e al tratto digestivo. Questo tipo di studio è anche molto limitato quando viene utilizzato per identificare le fratture e altri problemi con le ossa.
Il sito web CancerQuest afferma che alcune scansioni ecografiche possono produrre falsi positivi, causando ai pazienti di sottoporsi a biopsie e altre procedure invasive che non sono necessarie. L'ecografia non è in grado di rilevare la calcificazione del tessuto mammario, rendendolo meno utile per rilevare alcune forme di cancro al seno.
