Lo svantaggio più importante delle specie selezionate artificialmente è che sono molto sensibili alle malattie. Dal momento che determinati tratti sono allevati, la variazione all'interno della specie è notevolmente diminuita, facendoli diventare molto sensibili ai cambiamenti nell'ambiente, inclusi sia i fattori biotici che abiotici.
La selezione artificiale può anche avere conseguenze impreviste, come nel caso delle api mellifere africane, note anche come api assassine. Mentre le api venivano allevate per produrre più miele, anche i tratti che causavano un aumento dell'aggressività venivano inavvertitamente trasmessi. Ciò ha provocato la morte di diverse persone mentre le api sono diventate sempre più difensive.
La selezione selettiva, un altro termine per la selezione artificiale, può anche avere un effetto dannoso sulla specie stessa, come visto nella consanguineità dei cani al fine di mantenere la cosiddetta purezza di alcune razze. Alcune razze di cani hanno molte complicazioni apparentemente intrinseche, come la displasia dell'anca e una vita più breve.
In altri casi, come la banana, la selezione artificiale ha prodotto ibridi molto sensibili alla sterilità. Ciò significa che la specie non è in grado di riprodursi in natura, aprendola a un rischio più elevato di estinzione poiché una singola malattia potrebbe effettivamente spazzare via l'intera specie.
