Il Kansas ha due grandi bacini fluviali: il fiume Missouri a nord e il fiume Arkansas a sud. L'Arkansas River attraversa il sud e il centro-sud del Kansas prima di andare in Oklahoma. Il fiume Missouri si trova nell'estrema parte nord-orientale dello stato vicino a Missouri e Nebraska. Il Kansas presenta oltre 10.000 miglia di fiumi e torrenti e quasi 400 laghi.
Alcuni dei fiumi tortuosi del Kansas fungono da parchi ricreativi. Il Kansas River National Water Trail segue 173 miglia del fiume Kansas da Junction City, in Kan, fino alla confluenza del fiume Missouri a Kansas City, nel Missouri. Il fiume del Kansas spazza via 53.000 miglia quadrate, compresa la maggior parte del Kansas settentrionale.
L'Arkansas River attraversa Wichita, Kan. Il fiume è popolare tra i galleggianti quando il livello dell'acqua è abbastanza basso. L'Arkansas River è il sesto fiume più lungo negli Stati Uniti. Il fiume Missouri scorre vicino alle principali città del Kansas, come Kansas City, Atchison e Leavenworth. Il fiume Missouri fa parte del confine con il Missouri.
Lo stato del Kansas possiede 40 laghi da pesca che vanno da 50 a 300 acri. Alcuni dei più grandi laghi del Kansas sono Tuttle Creek Lake, Cheney Reservoir, Waconda Lake e Perry Lake. Molti di questi laghi e bacini offrono opportunità ricreative e acqua potabile.