I principali bacini idrici del Missouri includono il fiume Missouri, il fiume Mississippi, il lago degli Ozarks, il fiume corrente, il fiume Chariton e il lago Taneycomo. Altri corpi notevoli di acqua sono il lago Pomme de Terre e Table Rock Lake.
Il fiume Mississippi è il fiume più lungo negli Stati Uniti. Costituisce il confine del Missouri con l'Illinois, il Kentucky, il Tennessee e una scheggia dell'Iowa. Il fiume ha facilitato il trasporto e fornito acqua e energia idroelettrica per i residenti del Missouri per molti decenni.
Il fiume Missouri è il secondo fiume più lungo negli Stati Uniti. Attraversa lo stato in direzione ovest-est e si unisce al fiume Mississippi a St. Louis. Il Missouri, soprannominato il "Big Muddy" a causa della sua acqua torbida, è stato per secoli un punto di riferimento per esploratori e pionieri. I rami del Missouri comprendono i fiumi Cheyenne, Osage, Platte, Milk e White. Si svuota nel Golfo del Messico attraverso il Mississippi.
Il lago degli Ozarks è un lago creato dall'uomo attraverso le dighe del fiume Osage. Il bacino idrico non solo ospita la diga di Bagnell, che fornisce energia idroelettrica, ma è anche una famosa area ricreativa che attrae il turismo.
