Gli aspetti negativi dell'energia da biomassa sono simili a quelli associati all'uso di combustibili fossili per generare elettricità, con l'eccezione che i combustibili da biomassa sono fonti energetiche rinnovabili. La combustione di combustibili da biomassa causa preoccupazioni sulle emissioni e l'uso dell'acqua. I combustibili da biomassa sono meno efficienti e richiedono più terra.
L'energia da biomassa utilizza combustibile proveniente da fonti vegetali e animali. Queste fonti includono rifiuti come trucioli di legno, liquami, letame e alberi marcescenti, ma includono anche colture coltivate specificamente per la conversione della biomassa. Mentre le persone hanno usato il legno per secoli come fonte di calore, l'energia da biomassa utilizza questa fonte di combustibile per alimentare i motori o le centrali elettriche. Tuttavia, la creazione della fonte di carburante è spesso costosa, anche quando consuma prodotti di scarto.
Mentre l'energia da biomassa contribuisce a ridurre le emissioni di biossido di carbonio, aumenta altri gas serra, incluso il metano. Dal punto di vista ambientale, le emissioni da un impianto a biomassa sono altrettanto dannose di quelle dei combustibili fossili. L'uso di rifiuti da animali e umani crea anche odori indesiderati.
Poiché l'energia da biomassa produce gas metano, richiede più terra di altri tipi di produzione di energia per proteggere chi vive vicino all'impianto. Se la domanda di biomassa aggiuntiva supera i prodotti di scarto disponibili, esiste la possibilità per gli agricoltori di convertire da colture alimentari a colture da biomassa, il che riduce la disponibilità di cibo. La domanda ha anche il potenziale per porre ulteriori richieste sulle foreste già stressate.