Joe Scarborough ha divorziato nel gennaio 2013, secondo TMZ. La coppia ha iniziato la procedura di divorzio nel settembre 2012 e, secondo i termini di un accordo, ha in comune l'affidamento dei due bambini minori, a partire da ottobre 2015.
Joe Scarborough risolse i termini del suo divorzio dalla moglie Susan Waren accettando di pagare i sussidi sponsali a Susan di $ 30.000 al mese per cinque anni, seguiti da pagamenti di $ 25.000 al mese per altri due anni. La coppia continua a condividere l'occupazione della casa coniugale.
Scarborough smentisce le voci di una relazione romantica con Mika Brzezinski, sua co-conduttrice su "Morning Joe" di MSNBC. L'ex moglie di Scarborough, Susan, aveva precedentemente lavorato per l'ex governatore della Florida, Jeb Bush. Prima di co-hosting "Morning Joe", Scarborough era un membro del Congresso degli Stati Uniti.