Mentre un forno autopulente può risparmiare un sacco di tempo e problemi in cucina, i forni estremamente sporchi richiedono una preventiva pulizia preliminare. L'esecuzione del ciclo di autopulizia con una quantità eccessiva di sporcizia può richiedere più cicli e, eventualmente, danneggiare anche le superfici all'interno del forno.
Il ciclo di autopulizia utilizza il calore estremo per incenerire i residui di cibo. Alcuni tipi di sversamenti diventano problematici a temperature elevate. I residui zuccherini possono effettivamente esplodere in fiamme, rovinando l'interno della superficie del forno. Pasticciamenti molto intensi possono bloccare il flusso d'aria, provocando il surriscaldamento degli elementi e l'eventuale guasto elettrico. Più materiale c'è da rimuovere, più a lungo il forno deve lavorare per bruciarlo.
