I ciliegi hanno un apparato radicale molto superficiale. Mentre alcuni alberi coltivano sistemi di radici molto profondi, la maggior parte ha radici che crescono solo da 12 a 16 pollici e le radici dei ciliegi di solito non crescono così in profondità.
Le radici di un albero di ciliegio hanno due funzioni principali. Le radici più grandi ancorano l'albero a terra e trasportano nutrienti e acqua al resto dell'albero. Le radici più piccole alimentano le sostanze nutritive e l'acqua dal terreno, quindi le inviano alle radici più grandi. Poiché queste radici più grandi sono più basse e più verticali rispetto a molti altri alberi, possono causare danni al calcestruzzo e all'architettura del paesaggio. È meglio piantare alberi di ciliegio dove c'è molto spazio a causa delle loro radici poco profonde.