I pipistrelli in natura vivono in media da 10 a 20 anni. Ciò dipende dal fatto di sopravvivere fino all'età adulta; i giovani pipistrelli hanno un alto tasso di mortalità. Dopo le prime tre settimane di vita, imparano a volare, il che migliora le loro possibilità di sopravvivenza.
Un pipistrello individuale di una piccola specie di pipistrelli marroni, Myotis lucifugus, è stato trovato per vivere per quasi 40 anni, il che è un valore considerevole rispetto alla vita media dei pipistrelli. I biologi generalmente concordano sul fatto che i pipistrelli sopravvivono ad altri mammiferi di dimensioni comparabili, come roditori e primati. I pipistrelli sono sensibili ad alcune predazioni e ai parassiti fungini come Pseudogymnoascus destructans, che si ritiene causi una malattia chiamata sindrome del naso bianco.
