Anna Stanley ha chiesto il divorzio da Charles Stanley nel 1993, secondo quanto riferito dalla CNN. Il divorzio divenne definitivo nel 2000. Il divorzio pose fine a un matrimonio di 44 anni.
Il divorzio di Charles Stanley da parte di sua moglie fu controverso perché, come evangelista e fondatore dei ministeri In Touch, predicava contro il divorzio e sosteneva una visione rigorosa del matrimonio. La sua chiesa, il primo battista, ha mantenuto una politica contro il permettere agli uomini divorziati di servire come pastori o diaconi. Secondo Baptist Press, quando il divorzio di Stanley divenne definitivo, la First Baptist Church scelse di permettergli di rimanere come pastore. A partire da febbraio 2015, Charles Stanley rimane il pastore della First Baptist Church.