Flagella e cilia hanno esattamente le stesse strutture e funzioni, ei nomi indicano semplicemente quanti sono presenti su una data cella. Quando trovati singolarmente o in coppia, queste sporgenze cellulari sono chiamate flagelli. Le sporgenze identiche delle cellule sono chiamate ciglia se trovate in gruppi di tre o più.
Ogni singolo ciglio o flagello è costituito da un nucleo di microtubuli che si estende dalla membrana plasmatica della cellula. I microtubuli sono disposti in uno schema specifico di nove coppie che circondano due microtubuli singoletti per consentire lo scorrimento. Il movimento di scorrimento fa piegare il flagello o il ciglio, facilitando il movimento.
Il movimento a flagelli e ciglia inizia alla base accanto alla superficie della cellula e si estende lungo la protrusione fino alla fine in onde.
I flagelli si trovano sugli spermatozoi e su alcune alghe e vengono utilizzati per spingere l'intera cellula in avanti. Le ciglia si trovano incastrate nel rivestimento delle vie respiratorie, dove spazzano via detriti e germi che penetrano nel naso o nella bocca e nel tratto riproduttivo femminile. Alcuni protozoi sono ricoperti di ciglia e li usano sia per la locomozione che per tirare il cibo. Le più piccole ciglia e flagelli sono lunghe solo pochi micron, mentre la più grande si estende per oltre 2 millimetri. Flagella in genere cresce più a lungo di ciglia.
